这是一段攻壳灵活队成立前夜不为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军秘要军队501构造的真室中佐（宫内敦士 配音）正在闹市陌头被人戕害，此前他曾堕入军器生意的行贿丑闻没有患上脱身，他对殒命暗地里做作躲藏着有数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷年夜辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）正在真室中佐的坟场初次相遇。此时草薙还只是501构造卖力收集犯法清查的甲士，此行她但愿找到倍为尊敬的中佐蒙冤和遇害暗地里的实情。谁知，灵柩中的中佐早已没有见了踪影。正在此之后，她遭到荒卷委托开展查询拜访，并正在一连串阴险清查的过程当中与前特种军队成员巴特（松田健一郎 配音）以及时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）相逢。虚无缥缈的案情，草薙一行被引向未知的彼方……　　本片凭据士郎正宗的原作改编。
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